Défi « Un milliard de molécules contre la COVID-19 »

La crise sanitaire de la Covid-19 a mis en avant la nécessité d’anticiper, ainsi qu’une forte demande d'interdisciplinarité et d’agilité. Le grand défi mondial « Un milliard de molécules contre la COVID-19 », conduit par le JEDI avec le soutien du Fonds AXA pour la Recherche et de Merck, a été lancé au plus fort de la crise sanitaire de la COVID-19. Son objectif : identifier des molécules capables de bloquer la SARS-CoV-2 en détectant plus d'un milliard d’éléments à l’aide de méthodes computationnelles avancées et de calculs hautes performances, suivis par une validation expérimentale.

Plus de 30 équipes internationales ont participé à ce tout premier défi de type DARPA (Defense Advanced Research Projects Agency) en Europe, en utilisant l’intelligence artificielle, la modélisation moléculaire et la détection virtuelle pour proposer des centaines de milliers de molécules candidates contre les principales cibles virales. Les éléments les plus prometteurs ont été synthétisés afin de tester leur capacité à inhiber la réplication ou la liaison virale.

Sans précédent, cette initiative de science ouverte a réuni des experts en épidémiologie, biologie structurelle, virologie et développement de médicaments, afin d’accélérer le processus de détection virtuelle des candidats thérapeutiques potentiels et de poser les bases qui autoriseront une réponse plus rapide aux futures pandémies.

L’article de la NLM ci-dessous détaille les résultats :

Un effort communautaire dans la découverte d'un médicament contre la SARS-CoV-2 - PMC

Extrait : Les 31 équipes participantes ont utilisé un large éventail de méthodes computationnelles pour présélectionner un minimum de 1 milliard de molécules virtuelles contre 6 protéines cibles. Elles ont ensuite suggéré un total de 639 024 molécules, qui ont été classées pour trouver des « éléments consensuels ». L’équipe organisatrice s’est coordonnée avec différentes structures de recherche sous contrat (SRC) et institutions pour synthétiser et tester 878 éléments afin de déterminer leur activité biologique contre les protéases (Nsp5, Nsp3, TMPRSS2), la nucléocapside N, le RdRP (domaine Nsp12 uniquement) et la protéine Spike (alpha) S. 27 éléments à inhibition/liaison faible ont été identifiés de manière expérimentale par essais de liaison, de clivage et/ou de suppression virale, et sont présentés ici. Les approches de science ouverte comme celle-ci contribuent à étoffer la base de connaissances destinée aux futurs efforts de découverte de médicaments, dans le but d’identifier de meilleurs traitements contre la SARS-CoV-2.